happy monkey family: parents protect theirs children

Read More

LOGO STIKES PERINTIS TRANSPARAN

Read More

slow motion cat.

Read More

Three Minute Thesis (3MT)

Three minutes may not seem like much time to explain an 80,000 word PhD thesis that has taken years to research and develop, but that’s exactly what is required of PhD candidates competing in the Three Minute Thesis.

in the developing country its valuable for the manya stake holder. For researchers applying for funding from government and industry, the ability to present a concise argument justifying the cost and demonstrating the impact that the research will have, to an audience who do not have specialist knowledge, is invaluable.

Developed by UQ, 3MT is a research communication competition that challenges PhD students to communicate the significance of their projects without the use of props or industry jargon, in just three minutes. The exercise develops academic, presentation, and research communication skills and supports the development of research students' capacity to quickly explain their research in a language appropriate to a non-specialist audience leaving them wanting to know more. Now, threesis come acros the world, it popular even in Indonesia. this is the example of threesis in many contest.

in Indonesia 

New York University

Eunan McBrearty

ok. . . . good luck.

Read More

Sequensing DNA secara otomatis

Sequencing DNA secara otomatis menggunakan flurosense sebagai reporter. Metode ini pertama kali diperkenalkan oleh Leroy Hood pada tahun 1986, yang menggunakan radioaktif, autoradiografi dialih fungsikan dengan menggunakan detector yang diintegrasikan dengan computer (Anonym, 2005).

 Penggunaan radioisotope memiliki bahaya dalam menggunakan dan limbah, selain itu harganya yang juga mahal. Degnan cara menempelkan flouresense dye,  pada tiap basa nukleotida (ddATP, ddTTP, ddGTP, ddCTP) membuat setiap basa tersebut mampu memberikan signal yang berbeda-beda, tergantung pada posisi mana proses elongasi itu berakhir. Metode elektroforesis membedakan pada satu jalur. Kemudian di deteksi oleh sinar laser sehingga mampu menghasilkan cromatografi seperti pada Gambar 1.

Gambar 1. Prinsip kerja mesin sekuencing otomatis

Pada tahun 1986, L. Hood, L. Smith dan teman-teman kerjanya mendeskripsikan sekuencing berdasarkan penempelan flouresense yang menggambarkan cara kerja mesin DNA sequencing otomatis.  Instrument tersebut kemudian di produksi oleh Applied Biosystems. Pengembangan selanjutnya yaitu metode kapilar, yang memungkinkan analisa yang lebih akurat, tujuan utama modifikasi-modifikasi yang di lakukan adalah untuk mempercepat waktu dalam pelaksanaan. Pada tahun 1998 metode kapiler sudah dapat di lakukan dan di manfaatkan pada project Human Genome Project (HGP) dan mampu mensekuen 1 Mb per hari. 

Gambar 2: metode sekuencing kapiler.

Pemisahan produk dari reaksi sekuensing dideoksi berlabel radioaktif atau neon secara historis dilakukan dalam gel poli-akrilamida slab, misalnya jenis yang digunakan dalam 96-lane ABI 377 (Gambar 2). Kelemahan dari metode ini diantaranya  perlunya mempersiapkan gel baru untuk setiap sekuensing, pengisian sampel secara manual ke gel, membutuhkan waktu running  yang  relatif lama (8 ~ 10 jam untuk resolusi fragmen DNA 1KB).

Sekuensing elektroforesis kapiler merupakan serangkaian reaksi standar yang disusun sekuensing DNA dideoksi (metode sanger), masing-masing satu sumur  terdiri dari 8 baris x 12 kolom  dan 96 plat . Serangkaian ultra-tipis tabung kapiler (0,1 mm di dalam lubang, 50 ~ 80 cm panjang) yang diisi dengan resin campuran manik dan ditempatkan dalam array multi-kapiler. Salah satu ujung array dipasang di plate Katoda bermuatan negatif [kanan] sehingga ujungnya sejajar dengan setiap sumur pelat sampel. Penerapan tegangan tinggi menyebabkan DNA berlabel dalam setiap sampel dapat memasuki kapiler yang sesuai, dan bermigrasi meskipun menuju reservoir Anoda bermuatan positif. Karena tegangan tinggi yang digunakan, pemisahan elektroforesis hanya membutuhkan 1 ~ 3 jam. Seperti dalam elektroforesis gel biasa. fragmen yang lebih kecil bergerak lebih cepat daripada yang lebih besar. Sebuah laser di ujung mendeteksi pewarna yang berflourosense, dan panjang gelombang fluoresensi setiap fragmen dibaca oleh fotometer saat melewati titik tetap.

Laser dan fotometer bersifat stasioner, dan dapat mengaktifkan dan membaca beberapa kapiler secara bersamaan sebagai aliran data terpisah: ini meminimalisir masalah pelacakan jalur terpisah dalam gel acrilamite. Data mobilitas dikirim ke komputer, dan kromatogram yang dihasilkan untuk setiap sampel yang pada dasarnya identik dengan sistem papan gel.  Konfigurasi alternatif dari array kapiler dapat membaca 1, 4, 16, atau 48 sumur secara bersamaan, bergerak antara sumur dari pelat sampel secara otomatis secara teratur.

Read More

Amazing: Indonesia has a long chrowing Chicken without pause, until 23 seconds

Pelung chicken is a native chicken from Cianjur, a type of chicken native to Indonesia with three genetic trait. The first is voice crowed long until 24 secont without pause, it different with the other singing chicken that usually has caesura in the song . Both rapid growth. The third big body posture. The weight of an adult male Pelung Chicken can reach 5-6 kg with 40 to 50 cm of height.

Pelung Chicken now increasingly well-known and quite in demand by the general public, domestic and foreign tourists. A son of Japanese Emperor have been to Warungkondang to just to see the Pelung chicken farms. Even in Cianjur Chicken contest is held every year Pelung followed the owners and keepers of chicken’s pelung-West Java and Jakarta. The Best Pelung chicken that won in the contest can reach millions of dollars.

Pelung chicken name is derived from the Sudanese language Mawelung or Melung which means curved, because the crowed produces sound curved as well as chicken pelung has a long neck in the end the voice with a curved position. Pelung chicken is one type of local chicken Indonesia which have distinctive characteristics, which are generally characteristic traits pelung chicken can be described as follows:

Body          : Large and sturdy (much heavier / larger than usual local chicken)

Claws         : Long and large, black, green, yellow or white

Wattle        : Large, round and flushed

Cockscomb : Big, bold and upright, partially skewed and tilted, red and singular

Coat color  : Does not have the typical pattern, but generally a mixture of red and black; yellow and                         white; or a mixture of green and shiny

Sound        : rhythmic crowed, more tunable and longer than other types of chicken.

Read More

SEQUENCING. . .: metode untuk memahami kehidupan

Sekuencing adalah metode yang digunakan untuk  menentukan urutan nukleotida pada sekuen atau untaian DNA. Meskipun penemuan struktur DNA  dobel helix telah diketahui sejak tahun 1953, akan tetapi struktur gen dan genome baru dapat diperjelas pada tahun 1970-an dengan metode sekuencing. Basa nukleotida yang pertama kali di sekuencing sepanjang 24 bp pada E. coli yang berpedan sebagai pengikat repressor lac oleh Maxam-Gilbert :

   TGGAATTGTGAGCGGATAACAATT

              ACCT T AACACTCGCCTAT TGTTAA

Ini merupakan suatu karya yang di dapatkan dengan bersusah payah selama beberapa tahun. Galvanis Gilbert dan rekannya Alan Maxam untuk menciptakan  metode sekuensing berdasarkan sifat kimia pembelahan molekul DNA pada spesifik c jenis nukleotida. Teknologi kedua, dikembangkan oleh Fred Sanger, sdan di publikasikan pada tahun 1977, didasarkan pada enzimatik  perpanjangan untai DNA ke basis mengakhiri defined. Gilbert dan Sanger keduanya memenangkan Hadiah Nobel untuk kontribusi mereka  untuk sekuensing DNA teknologi. Teknik mereka  memiliki throughput yang sama 500-700 basis diperoleh dalam  setiap percobaan beberapa hari-panjang, dan akurasi yang sama,  yang mendekati 99,9%. Tapi hanya teknik Sanger  adalah mudah setuju untuk otomatisasi, dan sekuensing DNA  mencapai potensi penuh hanya dengan otomatisasi.  

Pada hakekatnya, semua data yang ada sekarang merupakan sebuah perjalanan panjang sehingga terkumpul menjadi bank data, di mulai dari bagaimana cara sekuencing yang ters berubah-ubah dan mengalami pembaharuan dan modifikasi. Perkembangan ini tidak lepas dari kinerja multidiscipline ilmu yang harus saling berkolaborasi. Misalnya Microbiologi, biokimia, molecular biologi, microbiologi, perangkat peralatan keras dan computer.

Proyek besar seperti Human Genome Project (HGP), membutuhkan spesialisasi keahlian, terlebih lagi inovasi dari beberapa sector ilmuan, di butuhkan ilmuan dari beberapa multidisiplin yang saling berkolaborasi secara efektif. Semua data di kolaborasikan bersama dalam data base besar yang disebut dengan bank genes yang sekarang salah satunya terpusat pada www.ncbi.nlm.nih.gov , web ini juga merupakan arena komunikasi data bagi seluruh ilmuan yang penelitiannya berkaitan dengan sekuent nukleotida, sehingga penelitian di duania ini dapat berjalan dengan harmonis.

Metode Maxam-Gilbert 

Metode maxam gilbert untuk DNA sekuencing di kempbangkan pada pertengahan 1970-an, dan menggunakan perbandingan fragmen nested, artinya membandingkan dari banyak sekuen pada taraf PCR dengan dengan cara mengubah conformasi dari struktur basa pada nukleotida. Pengubahan struktur tersebut menggunakan bahan kimia sehingga metode ini sering disebut juga metode sekuncing kimia.

Pada metode ini, untaian tunggal DNA di labeli pada ujung 5’, yang konformasinya dirubah menggunakan reagent yang spesifik. Biasanya menggunakan  Dimetil sulfat dan piperidin untuk basa guanin. Perlakuan Adenin dengan pembeian Dimetil sulfat, piperidin dan asam.  Perlakuan Timin dengan pemberian Hydrazine dan piperidin. Perlakuan Cytosin, dengan pemberian Hydrazine, piperidin dan garam (Gambar 1). Cara kerja selanjutnya yaitu di lihat menggunakan gel poliakrilamit, yang akan menghasilkan penampakkan dari pelabelan tadi, tetapi akan mendapatkan ujung yang berbeda-beda karena adanya perubahan konformasi. Sekuent dapat di baca menggunakan autoradiograph.

Melalui penemuan ini maxam dan gilbert mendapat anugrah Bobel prize. Metode ini di anggap lebih maju dari pada metode sanger (diuraikan kemudian), karena tidak menggunakan primer. penerapannya secara inheren terbatas pada urutan yang berdekatan dengan situs pembatasan atau termini tetap lainnya. kelemahan lainnya yaitu menggunakan reagen yang beracun yaitu hydrazine yang merupakan neurotoxin.

            Metode ini mulanya cukup populer karena dapat langsung menggunakan DNA hasil pemurnian, sedangkan metode Sanger pada waktu itu memerlukan kloning untuk membentuk DNA untai tunggal. Seiring dengan dikembangkannya metode terminasi rantai, metode sekuensing Maxam-Gilbert menjadi tidak populer karena kerumitan teknisnya, digunakannya bahan kimia berbahaya, dan kesulitan dalam scale-up.

Gambar  1 : metode Maxam-Gilbert (metode kimiawi), Perlakuan basa G dengan menggunakan Dimetil sulfat dan piperidin. Perlakuan A dengan pembeian Dimetil sulfat, piperidin dan asam.  Perlakuan T dengan pemberian Hydrazine dan piperidin. Perlakuan C, dengan pemberian Hydrazine, piperidin dan garam.

Gambar 2 : Gambaran/alur sekuensing metode Maxam-Gilbert  

Metode Sanger

Gambar 3 : Frederick Sanger

Frederick sanger, mendidakasikan dirinya di dalam bidang untuk mengetahui urutan molekul biologi. Karya pertamanya adalah dapat menguraikan komponen asam amino pada insulin, hingga dia mendapat anugrah nobel di bidang kimia pada tahun 1958 (Sanger, 1958). Karya selanjutnya ialah ia mampu menguraikan urutan nukelotida pada untaian DNA sehingga ia mendapatkan Nobel untuk yang kedua kalinya pada tahun 1980 bersama rekan-rekannya Paul Berg, dan Walter Gilbert.  Sebagai gambaran, pada masa itu sangat sulit untuk memurnikan DNA, pada masa tersebut enzim restriksi juga masih merupakan barang baru. Sehingga semua di lakukan secara konvensional, berbeda dengan sekarang yang segala sesuatunya sudah ada. Sanger meggunakan ØX- 174 sebagai objek penelitiannya. Memiliki panjang genom 5386 bp. Meskipun memiliki ukuran yang cukup panjang pada satu running. Namun Sangee percaya bahwa metode ini dapat mengungkap secara mendetail urutan basa nukleotida pada untaian DNA. Metode sanger meniru metode yang berada pada Transkripsi sehingga mirip dengan Polimarase chain rection (PCR), yang menggunakan DNA polymerase  untuk mensintesis strand complement baru, , sehingga dalam metode ini juga membutuhkan primer (sekuan pendek yang complement dengan DNA target)  sebagai penyedia gugus fosfat.

Point utama dalam metode ini adaah digunakannya ddNTP (gambar 4), yang   merupakan gula ribose yang kehilangan dua gugus O, sehingga reaksi tidak dapat berlanjut. ddNTP juga sudah mendapat perlakuan pelabelan sehingga dapat diamati secara baik. ddNTP akan menempel secara random  sehingga akan mengisi sela-sela dNTP (gula ribose yang dibutuhkan secara normal pada reaksi PCR). Urutan-urutan random yang dihasilkan kemudian di gabungkan sehingga mampu menjelaskan urutan nuklotida.

 

Gambar 4: Perbandingan antara struktur dedeoxiNTP (kiri) dengan deoxiNTP (kanan)

Gambar 5: Gambaran sekuencing metode sanger

 

Pada metode yang asli, urutan nukleotida DNA tertentu dapat disimpulkan dengan membuat secara paralel empat reaksi perpanjangan rantai menggunakan salah satu dari empat jenis basa pemutus rantai pada masing-masing reaksi. Fragmen-fragmen DNA yang kemudian terbentuk dideteksi dengan menandai (labelling) primer yang digunakan dengan fosfor radioaktif sebelum reaksi sekuensing dilangsungkan. Keempat hasil reaksi tersebut kemudian dielektroforesis pada empat lajur yang saling bersebelahan pada gel poliakrilamida.

Hasil pengembangan metode ini menggunakan empat macam primer yang ditandai dengan pewarna berpendar (fluorescent dye). Hal ini memiliki kelebihan karena tidak menggunakan bahan radioaktif; selain menambah keamanan dan kecepatan, keempat hasil reaksi dapat dicampur dan dielektroforesis pada satu lajur pada gel. Metode ini dikenal sebagai metode dye primer sequencing.

Gambar 6: Poliacrilamit gel yang digunakan untuk sekuencing

Read More